تقييم الموضوع :
  • 0 أصوات - بمعدل 0
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5

كتاب Microbiologie Biologie des procarytes et de leurs virus

#1
Microbiologie Biologie des procaryotes et de leurs virus

[صورة مرفقة: Microbiologie%2BBiologie%2Bdes%2Bprocary...Bvirus.jpg]

Microbiologie 


Table des matières

Liste des auteurs V
Préface VII
Avant-propos XXI
Liste des relecteurs XXVII
Remerciements XXIX
Partie I
Les Procaryotes
Chapitre 1. Structures cellulaires
. Caractéristiques générales 
. Morphologies, dimensions ; leurs contrôles 
. Adaptabilité morphologique à l’environnement
 Cellule minimale
 Structures et organisation cellulaires
 Enveloppe, interface de la cellule avec son environnement 
Structures péri- et trans-enveloppes 
Cytoplasme
 ADN et nucléoïde 
 Ribosomes
 Cytosquelette
Systèmes de transport et d’assemblage 
 Translocation des protéines à travers la membrane 
 Auto-assemblage du flagelle bactérien 
 Protéome – le cas d’E. coli 
Chapitre 2. Métabolisme et écologie 
 Métabolisme énergétique 
 Chimio-organotrophie 
 Chimio-lithotrophie
 Phototrophie

X
 Biosynthèses 
 Assimilation des composés en C1 – autotrophie et méthylotrophie 
 Assimilation des composés en C2 ou plus – hétérotrophie 
 Écologie microbienne 
 Interactions organismes-biotope 
 Interactions biotiques 
 Cycles biogéochimiques 
 Métabolisme et écologie des Archées 
 Métabolisme énergétique et autotrophie 
 Archées et cycle de l’azote 
 Procaryotes extrêmophiles 
 Halophiles extrêmes 
 Hyperthermophiles 
Acidophiles et alcalinophiles extrêmes 
 Psychrophiles 
Barophiles 
 Résistance aux radiations
Chapitre 3. Taxonomie, phylogénie, évolution 

 Origine de la vie – premières étapes de l’évolution du vivant 
Premières traces fossiles d’êtres vivants et Terre primitive 54
Ordre d’apparition des macromolécules informationnelles 57
 Premiers virus et rôle possible dans l’évolution des génomes 58
 La forme cellulaire aux origines de la vie ? 59
 Classifications des organismes vivants 60
 Classification phénotypique 60
 Classification et phylogénie moléculaire 61
 Arbre universel du vivant 64
 Premiers arbres universels phénotypiques 64
 Travaux de Carl Woese : du phénotype au génotype 65
 Grands phylums des trois domaines 67
 Arbre universel et relation procaryote/eucaryote 68
 Place des virus dans l’arbre universel 69
 Arbres ou réseaux 70
 Description des grands phylums procaryotes 71
 Identification des espèces procaryotes 72
 Notion d’espèce chez les procaryotes 72
Identification phénotypique 75
 Identification moléculaire 75

XI
© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
Spectrométrie de masse, méthode alternative 77
Rangs taxonomiques intraspécifiques d’intérêt 77
Nomenclature chez les procaryotes 79
Généralités 79
Validation d’une nouvelle espèce procaryote 80
Chapitre 4. Croissance et homéostasie 82
 « Courbe de croissance » 83
 Un outil d’étude indispensable 83
 Conditions expérimentales 83
 Phases de la courbe de croissance 85
 Phase exponentielle 86
Autres phases 87
Phase stationnaire et états de stress chez les Gram+ 89
Facteurs influant sur la croissance 90
 Facteurs physico-chimiques 90
 Facteurs biochimiques 91
 Homéostasie cellulaire – application aux procaryotes 93
 Cas des Archées 94
Rôle de l’homéostasie dans les états de stress 94
 Adaptations moléculaires aux conditions extrêmes 96
 Adaptation aux hautes températures 97

Adaptation aux bas pH 
 Adaptation aux basses températures 
 Adaptation aux fortes salinités
Chapitre 5. Reproduction 1
 Modèles de cytokinèse 
Division symétrique 
 Aperçu global 
Rôle central de FtsZ 
 De l’anneau Z à l’anneau septal 
 Assemblage du divisome 
 Systèmes in vitro pour l’étude de la division 
 Contrôle du cycle cellulaire 
 Division asymétrique 
 Modèle de sporulation de B. subtilis 
 Modèle de division de Caulobacter crescentus 

XII
 Cyanobactéries : division par scissions multiples 
 Streptomycètes : croissance sans division 
Bactéries à prosthèque et Planctomycètes : gemmation 
 Bdellovibrio bacteriovorus : divisions multiples 
De l’endospore à la progéniture intracellulaire 
 Systèmes de division FtsZ-indépendants 
 Division chez les Archée
Partie II
Le génome : structure
et reproduction
Chapitre 6. Génomique et métagénomique 
Séquençage complet d’un génome procaryote 
Clonage et séquençage par la technologie Sanger 
 Nouvelles techniques de séquençage à haut débit 
 Assemblage des génomes 
 Stratégies de séquençage d’un génome procaryote 
 Annotation des génomes 
Recherche des cadres de lecture 
 Biais dans la composition nucléotidique et l’usage des codons 
 Recherche des fonctions codées par les gènes 
 Recherche des gènes orthologues 
 Polymorphisme génique (SNP) 
 Synthénie 
 ARN non traduits et ADN non codant 
Comparaison et diversité des génomes procaryotes 
 Diversité de taille et nombre de gènes 
Diversité fonctionnelle 
 Génomes des organites eucaryotes d’origine procaryote 
 Génomique fonctionnelle 
 Transcriptomique 
 Protéomique 
 Métabolomique et autres « -omiques » 
 Métagénomique
Chapitre 7. Génomes procaryotes 
 Nucléoïde 
Structure physique 

XIII
© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
 Géométries et ploïdies des génomes 
Organisation fine 
 Appauvrissement des génomes des parasites et symbiontes 
 Génome minimal 
 Éléments génétiques accessoires (EGA) 
 Plasmides 
Éléments génétiques mobiles (EGM) 
Îlots génomiques 
Éléments intégratifs conjugatifs (ICE) 
 Shufflons 
 Hérédité infectieuse intracellulaire
Intégrons 
Génomes des Archées : similitudes et originalités 
Chapitre 8. Réplication de l’ADN 
 Caractéristiques générale
 Notion de réplichor
 Enzymes de la réplication 
 Hélicases 
Protéines de maintien des  simple-brin (SB) 
 Primases 
 ADN polymérases 
 Initiation de la réplication 
 Origine de réplication, ori 
Protéine initiatrice DnaA 
 Initiation à ori 
Contrôle de l’initiation 
 Élongation 
 Synthèse d’ADN à partir des amorces ARN 
 Processivité de l’ADN polymérase Pol III 
 Terminaison de la réplication 
 Aspects mécaniques de la réplication 
 Modèle trombone : coordination de synthèse das un réplichore 
 Configuration des réplisomes au cours de la réplication 
Ségrégation des chromosomes 
Migration des origines 
 Migration de la masse du chromosome 
Ségrégation de la région terminus 
 Ségrégation des génomes segmentés 

XIV
 Réplication des chromosomes linéaires 
 Réplication des EGA 
 Aspects généraux de la réplication des plasmides 
 Réplication mixte q et cercle roulant de génomes phagiques 
 Réplication chez les Archées –
Chapitre 9. Recombinaison génétique 
Recombinaison homologue 
Modèle formel de Holliday 
 Autres modèles formels 
 Bases moléculaires 
Recombinaison homologue chez les procaryotes 
Modèle E. coli – Approche génétique 
Voie recA 
 Voies de recombinaison homologue alternatives 
 Recombinaison non homologue 
Recombinaison site-spécifique 
Transposition et transposases 
 Jonction d’extrémités d’ADN non homologues (NHEJ) 
Recombinaison chez les Archées – Particularités 
Partie III
Diversification
et stabilité des génomes
Chapitre 10. Nature des mutations 
 Dénombrement et identification des mutants 
 Mutations spontanées : genèse et nature 
 Erreurs d’appariements par insertion de tautomères des bases 
Rôle mutagène des ADN polymérases 
 Autres processus physiologiques à risque mutagénique 
 Agents mutagènes 
 Rappel historique 
 Mutagènes endocellulaires 
Agents mutagènes exogènes 
 Contrôle du taux de mutation spontanée 
Gènes mutateurs, adaptabilité et sélection 
 Variants mutateurs : un avantage adaptatif ? 
 Mutation, sélection et adaptation 

XV
© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
10.6 Mutagenèse adaptative 241
 Genèse de mutants dans des conditions de sélection non létales 
 Modèles explicatifs du phénomène de réversion adaptative 
Chapitre 11. Systèmes de réparation 
 Induction de processus de réparation 
 Réparation par excision de base (BER) 
Glycosylases procaryotes 
 Cibles du système BER 
Réparation par excision de nucléotide (NER) 
 Approche génétique de l’étude de la sensibilité d’E. coli aux UV 
 Analyse biochimique de la réaction d’excision 
Mécanisme d’excision des lésions chez E. coli 
 Couplage transcription-excision chez E. coli 
 Réparation des mésappariements (MMR) – le modèle E. coli 
 Sélection de mutants affectés dans le processus MMR 
Rôle des séquences GATC dans la reconnaissance de la lésion 
Protéines en jeu dans le MMR et leur rôle
 Reconnaissance des mésappariements
 Rôle de l’ATP 
Excision du brin anormal 
 Modèles 
Organismes dépourvus de MutH 
Déblocage des fourches de réplication 
Rôle de la recombinaison 
Cas particulier de fourches bloquées au terminus 
 Rôle des protéines PriA et Rep 
Systèmes de réparation chez les Archæa 
Chapitre 12. Systèmes de transfert génétique 
 Transformation
 État de compétence 
Machinerie de capture de l’ADN
 Liaison de l’ADN à la cellule, sa fragmentation et son transport 
 Destin de l’ADN transformant internalisé 
Conjugaison 
Découverte 
 Épisome autotransférable F 
 Transfert linéaire des gènes chromosomiques 
 Machinerie de conjugaison

XVI
 Mécanisme moléculaire du transfert conjugatif 
 Niveaux de contrôle du transfert 
 Transduction 
Agents de transfert génique (GTA) 
TGH chez les Archées 
Barrières au TGH et leur esquive 
Systèmes de restriction-modification de l’ADN 
Barrière de la recombinaison 
 Immunité héréditaire à l’ADN exogène : le système CRISPR 
Contrôle par H-NS de l’expression d’ADN xénogénique 
 Stratégies antibarrières 
Partie IV
Stratégies d’adaptation
Chapitre 13. Expression génique, mécanismes et régulations 
Transcription 
Appareil de transcription bactérien
Reconnaissance du promoteur 
Élongation de la transcription 
Terminaison de la transcription 
 Traduction 
Ribosomes 
ARN de transfert et aminoacyl-ARNt synthétases
Démarrage de la traduction 
Élongation de la traduction
 Code génétique 
Terminaison de la traduction 
Traduction et physiologie 
Stratégies de régulation de l’expression génique 
Régulations du démarrage de la transcription 
Régulation de l’élongation de la transcription 
Régulation de la traduction
 Quand les ARN se font régulateurs de l’expression génique 
 Expression génique et régulation chez les Archées 
 Une machinerie de transcription de type eucaryote 
 Différents niveaux de régulation de la transcription 
Chapitre 14. Réponses globales à l’environnement 
 Détection et signalisation de modifications de l’environnement

XVII
© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
 Adaptation à un hôte : la pathogénicité
 Identification, origine et évolution des facteurs de pathogénicité 
 Invasion de la cellule hôte : avantages pour le pathogène 
 Signalisation environnementale : le cas de Salmonella 
 Évitement du système immunitaire : Listeria monocytogenes 
 Adaptation à un stress nutritionnel : la compétence
 Compétence bactérienne 
 Comportements cannibaliste et fratricide
 Compétence et apports nutritionnels alternatifs 
 Mobilité, chimiotaxie attractive ou répulsive 
 Nage swimming
 Essaimage swarming
 Glissement (gliding 
Rétraction twitching 
 Quorum sensing : communications intercellulaires
 Quorum sensing chez la Bactérie Vibrio fischeri 
Pathogénicité et QS chez les Bactéries Gram–
QS chez les Bactéries Gram+
 Interactions interespèces
 Quorum quenching et lutte antimicrobienne
 Évolution et maintien des systèmes de régulation QS-dépendants
 Les biofilms, des communautés bactériennes 
 Morphologie et composition des biofilms 
 Mise en place d’un biofilm : une réponse globale ou individualiste ? 
 Échanges génétiques dans les biofilms
 Quelques cas de biofilms monospécifiques
 Biofilms naturels multispécifiques
 Changements phénotypiques des cellules au sein d’un biofilm 
Vie sociale chez les Archaea
 Quorum sensing 
 Implication d’Archæa dans des biofilms
Chapitre 15. Différenciation
Se différencier pour se reproduire : Caulobacter crescentus
 Régulation du processus de différenciation 
Signaux extracellulaires 

 Se différencier pour coloniser : Streptomyces 
Cycle cellulaire de Streptomyces coelicolor 
 Régulation de la différenciation 
Signaux de la différenciation 
 Socialiser pour se différencier : Myxococcus xanthus 
 Principales étapes du cycle de développement 
 Régulation du processus de différenciation 
 Se différencier pour résister : Bacillus subtilis 
 Principales étapes du cycle de sporulation 
 Régulation du processus de différenciation 
Signaux extracellulaires
 Bimodalité
Partie V
Interactions procaryotes
et autres organismes
Chapitre 16. Virus des procaryotes 
 Virosphère et sa diversité 
 Morphologie et structure des virus procaryotes
 Capsides icosaédriques simples et à géométrie complexe
 Capsides à géométrie hélicoïdale 
 Capsides à enveloppe
 Formation et assemblage des capsides 
 Diversité, organisation et architecture des génomes
 Principe de classification des virus
Méthodes d’études 
 Isolement, purification et quantification 
 Culture : le cycle unique de production 
 Phases du développement viral 
Adsorption du virion et spécificité des récepteurs bactériens 
Transfert du génome viral dans la cellule hôte 
 Production de nouveaux virions 
 Coévolution de l’infectiosité virale et de la défense de l’hôte
Quelques systèmes modèles de bactériophages 
Bactériophages à ADN double-brin de la série T 
Bactériophages à ADN simple-brin 
Bactériophages à ARN simple-brin 
 Bactériophages à ARN double-brin 
Bactériophages tempérés et lysogénie

XIX
© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
 Les archeovirus 
Diversité et caractéristiques générales 
 Cycle infectieux du virus STIV 
 Infection par le virus SIRV 
 Un virus à ADN simple-brin d’une Archée hyperthermophile
Chapitre 17. Interactions hôtes/Bactéries pathogènes 
Types d’interactions hôtes/Bactéries 
 Interactions hôtes-bactéries pathogènes 
 Infection bactérienne et virulence 
 Principales maladies infectieuses d’origine bactérienne chez l’Homme
 Pathogenèse infectieuse 
 Transmission 
Colonisation 
Adhérence
 Invasion
 Résistance aux défenses de l’hôte 
 Toxines 
 Perspectives 
Chapitre 18. Lutte antimicrobienne 
 Du concept d’antibiose à l’utilisation d’antibiotiques
 Métabolites secondaires comme sources d’antibiotiques 
 Nature chimique, classification et mode d’action 
 Organismes producteurs 
 Biologie de la production des antibiotiques
 Physiologie et production d’antibiotiques 
 Organisation génétique 
 Rôles biologiques des antibiotiques 
 Résistance aux antibiotiques 
 Mécanismes de résistance
Acquisition de la résistance 
Épidémiologie de la résistance 
Recherche et production de nouveaux antibiotiques 
18.5.1 Stratégies de criblage 461
 Amélioration de souches productrices préidentifiées
18.5.3 Approche génomique 465
Structure cristallographique et design moléculaire

XX
Partie VI
Des perspectives
en guise de conclusion
Chapitre 19. Bio- et nano-technologies
Principes généraux 
Biotechnologies blanches 
Production d’acides aminés 
Molécules plate-forme : l’exemple de l’acide succinique 
Enzymes 
 Énergies renouvelables
 Produits dérivés de l’ADN recombinant - Exemples
 Biotechnologies jaunes 
Contaminants environnementaux
 Atténuation naturelle d’une pollution environnementale 
 Détection et traitements de la pollution par des micro-organismes 
 Biotechnologies rouges 
 Fantômes bactériens (ghost), une plate-forme biotechnologique 
 Production d’anticorps par des procaryotes 
 Élimination spécifique d’une bactérie – Le cas de Pseudomonas aeruginosa 
 Affinité des bactéries pour les tumeurs
 Biotechnologies vertes 
 Nanobiotechnologies 
 Couche S 
Utilisation des magnétosomes 
Bactériophages dans les bio- et nanotechnologies 
Biologie synthétique : organismes vivants artificiels 
 Applications
 Problèmes éthiques 
Bibliographie 
Liste des compléments Web 
Index général 
Index des organismes 

Téléchargez le livre d'ici
لا يمكنك مشاهدة هذا الرابط حتى تقوم ب : التسجيل أو الدخول
 اتمنى أن ينال الموضوع إعجابكم، أنا في إنتظار ردودكم
شكرا
الرد


التنقل السريع :


مستخدمين يتصفحوا هذا الموضوع: 1 ضيف